A coordenação do SISBOV vai voltar para a Secretaria de Defesa Agropecuária (SDA) do Ministério da Agricultura. Está no Decreto nº 5.741 de 8 de janeiro de 2008. A visita da missão da União Européia, no final de 2007, foi um dos principais motivos da mudança. Faz mais sentido o SISBOV estar vinculado à Secretaria de Defesa Agropecuária, responsável pelas áreas de fiscalização, inspeção e sanidade animal e vegetal do Ministério, do que à Secretaria de Desenvolvimento Agropecuário e Cooperativismo (SDC).
A mudança deve facilitar a compatibilização das normas nacionais com o Código Sanitário Terrestre (OIE), que coloca claramente a rastreabilidade como ferramenta para a promoção da sanidade agropecuária.