No crédito comum é corriqueira a cobrança de comissão de permanência, desde que haja mora e incidência dos encargos respectivos. Contudo, no crédito rural, especial e submetido unicamente à sua legislação de regência, não se aplica esse instituto da comissão de permanência por disposição legal, devendo ocorrer o estorno da quantia cobrada a esse título.

Em substrato de financiamento rural prevalece a regra específica do artigo 5º, do Decreto-Lei nº 167/67, o qual prevê para a inadimplência do título rural apenas as verbas ali consignadas, limitando-as, portanto. A extrapolação nos encargos da mora é manifestamente ilegal. Em situação de inadimplência do título rural incide juros moratórios à taxa de 1% ao ano, (art. 5º, § único) e eventual multa desde que pactuada e não tenha ocorrido mora do credor ao exigir mais do que lhe é devido, e isso prevalece para qualquer parcela da cédula rural. Decorre daí que a aplicação da comissão de permanência no crédito rural ser vedada, apenas possível nos demais financiamentos, ditos comuns, sob suas regras próprias. A matéria acha-se decidida e declarada pelo STJ (Superior Tribunal de Justiça), mas permanecem em certos casos interpretações errôneas à respeito.

No exame da matéria no STJ vêse a posição firme da Corte, conforme o julgado avante: "Não é lícita a cobrança de comissão de permanência nas cédulas de crédito rural. Jurisprudência pacífica" (AgRg no RE nº 494.235-MS, Relator Ministro Humberto Gomes de Barros, DJ 07.06.04, p. 219). Em outro julgado constata-se: "Em caso de inadimplência da cédula rural, só poderão ser cobrados, como encargos moratórios, juros de 1% ao ano e multa contratual, excetuados quaisquer outros acréscimos, inclusive a comissão de permanência, dado seu caráter compensatório. Ademais, sendo a relação entre as partes regida pela legislação consumerista, a previsão de cobrança de comissão de permanência a taxas flutuantes e abusivas reflete a potestatividade da fixação, revelando-se ilegal." (RE nº 749429 PR (2005/0077782-4), DJ 14.06.05, p. 535).

Os encargos financeiros somente têm validade e prevalência se forem embasados na legislação específica de regência. Na hipótese do crédito rural, inclusive em razão de seu reconhecimento como de ordem pública na Constituição Federal, somente a norma legal pode criar encargos moratórios ou de outra ordem, não prevalecendo simples avença contratual.

Mostra-se relevante a distinção da incidência desse encargo da mora contratual, no financiamento urbano (comum) e no rural (especial), eis que no segundo caso ele não se aplica, definindo, destarte, estorno do saldo devedor da conta.